A kolozsvári Protestáns Teológiai Intézet a Postakert (Cuza Vodă) utca és a Bocskai (Avram Iancu) tér sarkán áll.

A jelenlegi épület telkén a 16.–17. században református templom állt. Miután ez 1690-ben leégett, az új templomot a mai kétágú templom helyén építették föl. 1764-ben Pataki István főbíró 30 forintért megvásárolta az üres telket és fogadót épített rá, melynek neve Három liliom volt (a név a református egyház címerére utalt, amelyet a kapu felé helyeztek el). Özvegye, Patakiné Babocsai Erzsébet a református egyházra hagyta a fogadót azzal a kikötéssel, hogy a befolyó bérleti díjat a külső templom építésére kell fordítani. Száz éve elteltével a a különböző bérlők kezén a fogadó lezüllött, az épület állaga is leromlott, ezért az egyház elhatározta, hogy lebontják és ide építik a teológiai intézetet.
Korábban a református lelkészek képzése Nagyenyeden történt, de 1875-ben az egyházkerület elhatározta az intézet Kolozsvárra költöztetését. Az építkezéshez az első adományt gróf Mikó Imre tette.
A jelenlegi eklektikus épületet Feszty Gyula budapesti építész tervezte és Endstrasser Benedek kivitelezte 1894–1895-ben. Az avatás 1895. november 2–3-án történt Bánffy Dezső miniszterelnök és Wlassics Gyula vallás- és közoktatásügyi miniszter jelenlétében. 1895. Az első tanévben 31 teológiai és 37 bölcsészeti hallgató iratkozott be.
Az 1948-ban életbe lépett új tanügyi törvény választás elé állította az erdélyi protestáns egyházakat: egyesítik a református és az unitárius teológiai akadémiákat vagy középiskolává minősülnek. Az öt protestáns püspök (Vásárhelyi János, Arday Aladár, Argay György, Kiss Elek és Friedrich Müller) az egyesítés mellett döntött. Az Egyetemi Fokú Protestáns Theologiai Intézetet 1949. február 25-én avatták fel. Ebben az évben 135 református, 25 unitárius, 11 evangélikus hallgató iratkozott be. 1956–1957 során a német evangélikus tagozat Nagyszebenbe költözött. A hallgatók létszáma fokozatosan csökkent, az 1980-as években évente már csak 10-20 teológus végzett.

Jelen:

Az intézet fenntartói az erdélyi magyar református, unitárius és evangélikus egyházak, ők határozzák meg a felvehető diákok számát. A román állam kis mértékben hozzájárul az alkalmazottak egy részének a fizetéséhez. Az oktatás három szintű: 4 év alapképzés + 2 év magiszterképzés + 2 év doktori képzés.
Az intézményben folyó lelkészképzést 2010. szeptember 18-án Magyar Örökség díjjal tüntették ki.